关于您1999年只领取5000元国务院特殊津贴、剩余1.5万元能否补给的问题，需结合政策依据和具体情况判断。剩余1.5万元能否补给需根据您的津贴发放性质及政策执行情况确定。1.若您的津贴属于1996年后“一次性享受2万元”的范围，且未足额发放：需核查未足额发放的原因（如政策执行错误、信息登记遗漏等），若因行政机关未依法足额发放，可通过申请补发来主张权利。2.若您的津贴发放存在政策适用错误（如误按1995年前标准发放）：需确认您的津贴资格所属时段，若实际应适用1996年后一次性2万元标准，可要求纠正并补发差额。3.若未足额发放是因您未满足政策附加条件（如需完成特定任务、提交材料不全）：需先补全条件，再申请补发剩余部分。
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以下特殊情况或例外情形可能影响您补发国务院特殊津贴的申请：1.地方政策对津贴发放的调整：部分地区可能根据本地财政情况对国务院特殊津贴的发放方式或金额进行微调（如分期发放、部分抵扣）。若您所在地区有此类地方政策，且明确规定1999年的津贴可分批次发放，剩余1.5万元可能需按地方政策的时间节点领取，而非立即补发。2.个人资格存在争议：若发放部门认为您的特殊津贴资格存在瑕疵（如评选程序不符合规定、资格已被取消），可能以此为由拒绝补发剩余金额。此时您需先通过行政程序确认资格的有效性，才能继续主张补发。3.历史遗留问题的特殊处理机制：若您的未足额发放属于历史遗留问题，当地可能针对此类问题有专门的处理流程或补偿方案，需按照该机制申请补发，而非适用常规流程。
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您主张补发剩余1.5万元国务院特殊津贴可能面临以下法律风险：1.政策适用争议风险：例如，若发放部门主张您的津贴资格属于1995年前“每月600元”的范围，而非1996年后“一次性2万元”，双方对政策适用产生分歧，可能导致补发申请被拒绝。此时您需提供证据证明自己属于1996年后的发放对象，否则难以维权。2.证据不足风险：若您无法提供领取5000元的凭证、享受特殊津贴的资格证明或政策文件，发放部门可能因证据不足不认可未足额发放的事实，导致补发主张无法得到支持。
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针对您提出的1999年国务院特殊津贴未足额发放问题，需结合相关政策依据分析。目前国务院特殊津贴的发放依据主要为《国务院关于给做出突出贡献的专家、学者、技术人员发放政府特殊津贴的通知》（国发〔1990〕58号）及后续配套政策。根据政策规定，1996年起对新选拔的享受特殊津贴人员实行一次性发放2万元的方式。若您1999年属于该政策覆盖范围，且无政策明确规定可扣减发放金额，则行政机关应足额发放2万元。您仅领取5000元的情况，若因行政机关未依法履行发放义务，根据《中华人民共和国行政复议法》《中华人民共和国行政诉讼法》相关规定，您有权要求行政机关补发差额。结论：若您符合1996年后一次性发放2万元的条件，且无政策允许的扣减情形，剩余1.5万元可依法主张补给。

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